La sociedad Muisca estaba organizada en una confederación de cacicazgos. Las dos principales divisiones políticas estaban encabezadas por el Zipa (con sede cerca de la moderna Bogotá) y el Zaque (con sede cerca de la moderna Tunja). La sociedad era jerárquica, con sacerdotes (chyquy), guerreros (güechas) y plebeyos (agricultores, artesanos, comerciantes).

La agricultura era la columna vertebral de su economía, cultivando principalmente maíz, papas, quinua y algodón. También eran hábiles artesanos, conocidos por su orfebrería (tunjos), cerámica y textiles. La minería de sal y el comercio eran actividades económicas significativas.

Los Muiscas tenían una religión politeísta compleja. Las deidades clave incluían a Chiminigagua (dios creador), Bachué (diosa madre), Bochica (héroe civilizador), Sua (dios del sol) y Chía (diosa de la luna). Los sitios sagrados como lagos (p. ej., Lago Guatavita), montañas y cuevas jugaban un papel crucial en su cosmología.

Las ceremonias religiosas involucraban ofrendas (a menudo figuras de oro llamadas tunjos), música, danza y, a veces, sacrificios humanos, particularmente en eventos importantes como la investidura de un nuevo gobernante. La famosa leyenda de El Dorado probablemente se originó en la ceremonia Muisca donde el nuevo Zipa, cubierto de polvo de oro, hacía ofrendas en el Lago Guatavita.